水質自動監測站的監測項目包括水溫、pH、溶解氧（DO）、電導率、濁度、高錳酸鹽指數、總有機碳（TOC）、氨氮，湖泊水質自動監測站的監測項目還包括總氮和總磷。

水質自動監測站的監測頻次一般采用每4小時采樣分析一次。每天各監測項目可以得到6個監測結果，可根據管理需要提高監測頻次。監測數據通過公網VPN方式傳送到各水質自動站的托管站、省級監測中心站及中國環境監測總站。

主要監測指標含義

pH：表征水體酸堿性的指標，pH值為7時表示為中性，小于7為酸性，大于7為堿性。天然地表水的pH值一般為6~9之間，水體中藻類生長時由于光合作用吸收二氧化碳，會造成表層pH值升高。

溶解氧（DO）：代表溶解于水中的分子態氧。水中溶解氧指標是反映水體質量的重要指標之一，含有有機物污染的地表水，在細菌的作用下有機污染物質分解時，會消耗水中的溶解氧，使水體發黑發臭，會造成魚類、蝦類等水生生物死亡。在流動性好（與空氣交換好）的自然水體中，溶解氧飽和濃度與溫度、氣壓有關，零度時水中飽和氧氣含量可14.6mg/L，25℃為8.25 mg/L。水體中藻類生長時由于光合作用產生氧氣，會造成表層溶解氧異常升高而超過飽和值。

高錳酸鹽指數（CODMn）：以高錳酸鉀為氧化劑，處理地表水樣時所消耗的量，以氧的mg/L來表示。在此條件下，水中的還原性無機物（亞鐵鹽、硫化物等）和有機污染物均可消耗高錳酸鉀，常被作為地表水受有機污染物污染程度的綜合指標。也稱為化學需氧量的高錳酸鉀法，以別于常作為廢水排放監測的重鉻酸鉀法的化學需氧量（COD）。

氨氮（NH3-N）：氨氮以溶解狀態的分子氨（又稱游離氨，NH3）和以銨鹽（NH4+）形式存在于水體中，兩者的比例取決于水的pH值和水溫，以含N元素的量來表示氨氮的含量。水中氨氮的來源主要為生活污水和某些工業廢水（如焦化和合成氨工業）以及地表徑流（主要指使農田使用的肥料通過地表徑流進入河流、湖庫等）。