高速正負極性切換，在不能判斷樣品是否將作為正離子或負離子檢測時，它特別有用。 LCMS-IT-TOF采用了新開發的、高度精確和穩定的電源供應器，以及新開發的高壓開關，允許只有1秒或更少的極性切換（需要尖銳的色譜峰與改進的高速色譜法）。極性切換的大速率為2.5赫茲，它允許獲得每秒2.5倍的正離子和負離子的質譜對。

示例數據

LCMS-IT-TOF的離子光學系統，帶來一種新型的離子導入的方法，被稱為壓縮離子導入或CII，Skimmer、八極桿和一個鏡頭的組合，把連續的離子流轉換為脈沖，以便引進到離子阱中。這種方法使得它可以在引入離子阱之前控制離子的積累，使得RF在所有CII積累的離子進入離子阱的瞬間應用于射頻環電極。LCMS-IT-TOF采用這種不同于傳統離子阱的控制。CII的發展有效地將LC系統連接至MS，并且極大地改善了離子阱捕獲率，克服了以前的缺陷，從而提高了靈敏度。

圖1和圖2顯示紅霉素A肟（ERY-AO）的UV和MS色譜，這是一個由應變產生的細菌，稱為Saccaropolyspora紅霉素的大環內酯類抗生素。一些雜質被標示出來。圖3顯示了紅霉素A肟（ERY-AO）的質譜圖。紅霉素AO的分子顯示為m/z =747.4661。獲得數據字和理論值之間的質量差（747.4643）約為0.002。

如圖4所示的MS/MS譜圖的m/z=747。大峰的m/z=571，被視為A區紅霉素AO結構的損失，因為質量差與M/Z=747是176。在m/z=396.2416被視為C區。這是高度可靠的數字，因為與理論的數字相比，其質量差僅為0.003。

圖6顯示了雜質A的質譜圖：MS/MS譜圖表明ERY-AO具有類似的結構。

與C區（396.2386）理論圖相比，m/Z=396.2406的質量差為0.002。M/Z=571也進行了檢測，它是類似于ERY-AO的MS/MS譜圖。然而，雜質的分子量是733，雜質A和從該損失之間的雜質的質量差是162。而從地區ERY-AO質量差是14.0144。使用精確質量計算器，這個數字被認為是CH2（14.0156），并假設雜質有一個結構，從一個區的甲基A組，以一個氫取代。

樣品一旦進入LC / MS便不能重復采集分析；因此，至關重要的是，儀器可以自動選擇合適的母離子。利用LCMS-IT-TOF，各種離子選擇標準都可使用，如根據離子的強度或m/z ，以及智能自動母離子選擇，如單同位素峰選擇和帶電狀態的過濾。

按強度順序選擇母離子

中性丟失分析原則

如果指定的中性丟失在MS2的譜圖中觀察到，則MS3分析自動進行。中性丟失分析中，只有目標離子在MS3中進行測量，從而有效的獲得所需信息，而不浪費時間。

由于有關目標離子的詳細信息，可以通過使用中性丟失分析功能得到，它可以成為一個支持化合物鑒定的強大工具（例如，藥物研發中的二相代謝產物）。

中立丟失分析功能示例中性丟失分析和MS3的測量相結合，提供了準確的質量信息，可進行高度可靠的磷脂結構分析

設置PS（極性基團 X：絲氨酸） - 特定NL （87Da） ，并進行中性丟失分析